Komisija za orgle je komisija Škofije Koper, ki škofu,  duhovnikom in sodelavcem na župnijah, pomaga, svetuje in skrbi za  kvalitetno in ustrezno delovanje in vzdrževanju cerkvenih orgel in izdaja soglasje v primeru nakupa, zamenjave ali popravil župnijskih orgel na področju Škofije Koper.